È l'attuale Guida Suprema dell'Iran, di cui è stato Presidente dal 1981 al 1989, nonché il massimo esponente nazionale del clero sciita.
Khāmeneī ha affermato che "i diritti umani sono l'arma nelle mani dei nostri nemici in lotta con l'Islam", denunciando così, a suo avviso, l'ipocrisia che talvolta aleggia su questa delicata materia. Egli è solito dire che il governo americano, con i suoi molti crimini e comportamenti scorretti, non è autorizzato a giudicare il rispetto dei diritti umani in Iran
Nel 2000, è stato indicato dal Comitato per la protezione dei giornalisti come "uno dei primi dieci nemici della stampa e della libertà di espressione",
I giornalisti dell'opposizione Ahmad Zeidabadi , Mohsen Sazegara , Mohammad Nourizad e Akbar Ganji sono stati arrestati e indagati per aver diffuso articoli critici contenenti accuse non dimostrate contro le politiche di Khamenei come leader e alcune organizzazioni. Secondo la legge iraniana sulla stampa "diffondere voci e bugie e distorcere le parole degli altri" non è consentito. Inoltre, secondo la legge, "non è consentito diffondere diffamazione nei confronti di funzionari, istituzioni, organizzazioni e individui del Paese o insultare persone giuridiche o reali legittimamente rispettate, anche per mezzo di immagini o caricature"
Nel 2012, 2013 e 2014, Forbes ha selezionato Khamenei rispettivamente come la 21ª, 23ª e 19ª persona più potente del mondo, nell'elenco delle persone più potenti del mondo.
Diversi giornalisti, blogger e altre persone sono stati processati in Iran con l'accusa di aver insultato la Guida Suprema, spesso insieme ad accuse di blasfemia.
Nel 2009, il blogger iraniano Omid Reza Mir Sayafi, arrestato per aver insultato Khamenei in un post su Internet, è morto mentre era in custodia nella prigione di Evin
Nel 2014, otto uomini, tra cui un britannico, sono stati condannati dai 19 ai 20 anni per aver insultato Khamenei su Facebook.
Nel 2017, Sina Dehghan è stato condannato a morte per aver insultato il profeta, con un'ulteriore condanna a 16 mesi per aver insultato Khamenei in un'applicazione di messaggistica.
Khamenei è un sostenitore della pratica islamica dell'hijab e crede che abbia lo scopo di onorare le donne. Sostiene che le donne in Occidente abbiano perso il loro onore sottolineando l'alto tasso percepito di violenza sessuale in Occidente, nonché il diffuso sfruttamento dell'attrazione sessuale femminile per scopi commerciali: "In effetti, hanno trattato le donne come una merce , come un altro dei loro prodotti. Se dovessi guardare le riviste che sono pubblicate in Occidente, vedresti che pubblicizzano un prodotto in vendita accanto all'immagine di una donna nuda. Riesci a immaginare un insulto più grande alle donne? "
Khamenei sostiene che "Oggi, l'omosessualità è un grave problema nel mondo occidentale. Tuttavia le nazioni occidentali lo ignorano. Ma la realtà è che l'omosessualità è diventata una sfida seria, un dolore e un problema irrisolvibile per gli intellettuali occidentali".
